Kustbevakningen ansvarar för varukontroll av sjötrafiken, framför allt vid EU:s yttre gräns. Deras arbete slutar vid vattengränsen, där i stället tullen och polisen tar över. Kustbevakningen var under många år en del av tullen, men år 1988 blev de en egen fristående enhet. Ett nära samarbete mellan tullen och kustbevakningen består.

Kustbevakningen har inte varit framgångsrik i kampen mot narkotikasmuggling, och det beror på flera olika faktorer. Ett problem är att kustbevakningen enligt svensk lag inte får ha narkotikasökhundar i sitt arbete. Utan hundens hjälp är det i stort sett omöjligt att upptäcka narkotika.

Ett annat problem är de öppna gränserna, som medför att kustbevakningen måste anpassa brottsbekämpningen efter EU:s regler och Schengensamarbetet. Det innebär bland annat att kustbevakningen inte får göra stickprov. För att få undersöka ett fartyg, måste det föreligga en misstanke om smuggling. När kustbevakningen väl går ombord, får en genomsökning inte ske innan kaptenen först har fyllt i en deklaration över vilka varor som ska föras in i Sverige.